Følgende organer/organisasjoner er medlemsorganisasjoner i IKO - Kirkelig pedagogisk senter:
Kirkerådet og Samisk kirkeråd har en observatør hver i representantskapet.  
 

Styret for IKO og IKO-Forlaget AS
IKO - Kirkelig pedagogisk senter og IKO-Forlaget AS har hver sitt styre, som foruten de ansattes representanter består av de samme medlemmene: 

Ludvig Bjerkreim (styreleder)
Lene Christine Mikalsen
Hilde Fylling
Andreas Seierstad
Kristine Røed Brun
Tonje Tornes
Tonje Kristoffersen
Øivind Holtedahl
 
Annbjørg Dalland (ansattes representant i IKOs styre)
Kåre Stige (ansattes representant i IKO-Forlagets styre)   

Varamedlemmer:
Anette Hope
Per Kristian Hovden Sætre
Kristin Moen Saxegaard
Anne-Helene Roaldsnes
Margunn Serigstad Dahle

Ingrid Fjeld (for Annbjørg Dalland)
Grete Bårdsen (for Kåre Stige)